Das Gymnasium schliesst an die 2. oder 3. Klasse der Sekundarschule an. Während vier Jahren vermittelt es sowohl eine sprachlich-historische als auch eine mathematisch-naturwissenschaftliche Allgemeinbildung mit entweder Schwerpunkt Wirtschaft und Recht oder Schwerpunkt Philosophie, Pädagogik und Psychologie.

Die eidgenössisch anerkannte gymnasiale Maturität ermöglicht den Absolventen und Absolventinnen das Studium an allen Fakultäten und Abteilungen der schweizerischen Universitäten und Hochschulen.

Die Anmeldung für das Gymnasium ist mit der Wahl des Schwerpunktfachs verbunden. An der Kantonsschule Hottingen werden die Schwerpunktfächer «Wirtschaft und Recht» und «Philosophie, Pädagogik und Psychologie» angeboten. Innerhalb des Schwerpunktfachs «Wirtschaft und Recht» besteht die Möglichkeit, den Akzent Entrepreneurship, den Akzent Ethik / Ökologie oder Immersion zu wählen.

Nach einem Jahr Unterricht in Musik und Bildnerischem Gestalten entscheiden sich die Schülerinnen und Schüler im Hinblick auf das zweite und dritte Schuljahr für eines dieser beiden Fächer (Wahlpflichtfach A). Gegen Ende des dritten Schuljahres bestimmen die Schülerinnen und Schüler das Thema und den Betreuer oder die Betreuerin ihrer Maturitätsarbeit.

Im vierten Schuljahr sind die Wahlmöglichkeiten am grössten: Neben einem Ergänzungsfach (Biologie, Chemie, Physik, Geschichte/Staatskunde, Geographie, Anwendungen der Mathematik, Musik, Bildnerisches Gestalten, Informatik, Sport oder Wirtschaft und Recht) entscheiden sich die Schülerinnen und Schüler auch für das Wahlpflichtfach B (Biologie, Chemie oder Physik) und das Wahlpflichtfach C (Geschichte / Staatskunde oder Geographie). Dabei gilt, dass Ergänzungsfach und Wahlpflichtfach nicht identisch sein können und Musik oder Bildnerisches Gestalten nur gewählt werden kann, wenn dieses Fach als Wahlpflichtfach A in der 2. und 3. Klasse belegt wurde.

Ergänzungs- und Wahlpflichtfächer werden nur durchgeführt, wenn genügend Anmeldungen vorliegen. Freifächer werden semesterweise in allen Fachbereichen angeboten.